Ducato di Milano, 1497. Un domenicano deve decifrare il più celebre affresco della Cristianità. "Conta gli occhi, ma non guardare la faccia." Un misterioso informatore, il cui nome è cifrato in un rompicapo apparentemente insolubile, ha messo in allarme l'Inquisizione romana con una serie di lettere anonime indirizzate alla corte papale di Alessandro VI, che preannunciano la rovina della Chiesa apostolica. Secondo l'Augure -così si firma l'oscuro personaggio- la minaccia viene dal ducato di Milano, più precisamente dall'affresco che Leonardo da Vinci sta eseguendo, su commissione di Ludovico il Moro, nel refettorio di Santa Maria delle Grazie: un'Ultima cena di Cristo con i dodici apostoli che presenta diverse anomalie. Il Messia infatti non celebra l'Eucarestia spezzando il pane e sulla tavola non compare il sacro calice del suo sangue, i Dodici sono senza aureola, il discepolo prediletto Giovanni ha il volto di una fanciulla, Pietro nasconde un pugnale, uno dei discepoli infine, forse un autoritratto del pittore, volta le spalle a Gesù. Se "Il Cenacolo" vinciano nasconde dunque un vero e proprio universo di simboli, a chi è rivolto il messaggio che vi è contenuto? E chi è in realtà l'Augure, che getta su di lui l'onta del sospetto? A queste domande deve dare risposta il frate domenicano Agostino Leyre, inviato con urgenza dal Santo Uffizio a supervisionare gli ultimi ritocchi del Maestro alla sua opera. Poco dopo l'arrivo del frate, una serie di delitti sconvolge la comunità domenicana di Santa Maria delle Grazie e un pellegrino viene assassinato davanti a un altro dipinto del genio toscano, "La Vergine delle rocce": l'ombra del Male si allunga su Milano.