Tra la fine del 1546 e l’inizio del 1547 il duca Cosimo affidò a Benedetto Varchi l’incarico di scrivere una storia di Firenze. L’impresa si protrasse per vari anni, non senza tensioni tra l’autorevolissimo committente e l’erudito. Alla morte di Varchi, nel 1565, il lavoro era ancora incompiuto, fermo al XVI libro. Il duca inviò allora immediatamente un proprio uomo nelle dimore di Benedetto, a Firenze e a Montevarchi, per recuperare le sue carte e le sue scritture. Per le Storie fiorentine ebbe così inizio un lungo periodo di oblio. A giudizio del principe erano inadeguate a legittimare il disegno provvidenziale del governo mediceo su Firenze, dovevano perciò essere dimenticate e la loro circolazione fu a lungo ostacolata. All’inizio del Seicento era difficilissimo trovarne un manoscritto a Firenze e si sarebbe dovuto attendere l’inizio del sec. XVIII perché fossero pubblicate da Francesco Settimanni, con un falso luogo di stampa. 
